Zunächst gelangt das Abwasser in die Vorklärung. Dort sinken die Feststoffe zum Boden, Leichtstoffe schwimmen auf.

Das Wasser aus dem mittleren Bereich wird margenweise in die Belebtkammer geführt.

Dort wird das Abwasser mit kurzen Belüfterstößen durchmischt. Diese kurze Belüftung bewirkt, dass Sauerstoff in das Abwasser gelangt und gleichzeitig mit dem Belebtschlamm vermengt wird. Teilweise kann sich eine Denitrifikation vollziehen. Diese Behandlungsphase dauert sechs Stunden. In dieser Phase übernehmen Mikroorganismen die Reinigungsleistung.

Anschließend folgt die Absetzphase, die zwei Stunden dauert.

Im oberen Teil ist danach sauberes Wasser, welches abgepumpt wird. Der Zyklus ist nach acht Stunden beendet. Falls in den vergangenen acht Stunden sich neues Abwasser im ersten Tank angesammelt hat, beginnt der Zyklus erneut. Falls kein neues Abwasser oder nur eine geringe Menge im ersten Behälter ist, schaltet die INNO-CLEAN in den Energiesparmodus.

Überschüssiger Belebtschlamm wird in den Schlammfang zurückgeführt und beginnt dort während einer kurzen Phase mit Schadstoffabbau.